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title: "Começando com soilKey (PT-BR)"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Começando com soilKey (PT-BR)}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
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```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment  = "#>"
)
```

`soilKey` faz classificação automática de perfis de solo nos três sistemas canônicos: **WRB 2022** (4ª edição), **SiBCS 5ª ed.** (Embrapa, 2018) e **USDA Soil Taxonomy 13ª ed.** (USDA-NRCS, 2022). A chave taxonômica em si é implementada como código R determinístico orientado por regras YAML versionadas; extração via *vision-language model*, priors espaciais (SoilGrids) e predição de atributos via OSSL ficam ao lado da chave como módulos separados, **nunca dentro dela**.

Esta vinheta é uma adaptação para PT-BR de `v01_getting_started`. O conteúdo cobre o mesmo material; preferimos PT-BR aqui porque a comunidade brasileira de pedologia é grande e quase toda a literatura SiBCS é escrita em português.

# 0. O começo de 30 segundos

Se você só quer ver `soilKey` funcionando ponta-a-ponta em um perfil real, sem escrever código R, há dois caminhos.

## A. Interface Shiny (sem código)

```{r run-app, eval = FALSE}
library(soilKey)
run_classify_app()   # abre um app Shiny em uma única tela no navegador
```

Faça upload de um CSV (uma linha por horizonte) ou edite manualmente, clique em **Classify**, e leia os nomes WRB / SiBCS / USDA junto com o *key trace* determinístico e a *evidence grade*.

## B. Uma chamada R, uma fixture

```{r quick-start}
library(soilKey)

pedon <- make_ferralsol_canonical()   # Latossolo Vermelho canônico
classify_wrb2022(pedon, on_missing = "silent")$name
classify_sibcs(pedon)$name
classify_usda(pedon, on_missing = "silent")$name
```

É o pacote inteiro: `PedonRecord` entra, classificação sai. As seções seguintes mostram como construir o seu próprio pedon e como os módulos laterais (VLM, espacial, espectral) se conectam.

# 1. Construindo um PedonRecord do zero

`PedonRecord` é a estrutura central de dados. Ele agrupa:

- **Metadados de sítio** (id, lat/lon, país, material de origem, ...)
- **Tabela de horizontes** com o esquema canônico fixo (veja `horizon_column_spec()` para a lista completa de colunas)
- **Espectros** opcionais (Vis-NIR / SWIR / MIR)
- **Imagens** opcionais (foto de perfil)
- **Documentos** opcionais (PDF / *field report*)
- **Log de proveniência por atributo**: cada valor numérico ou categórico carrega uma tag `source` ∈ {`measured`, `predicted_spectra`, `extracted_vlm`, `inferred_prior`, `user_assumed`}

```{r build-pedon}
meu_pedon <- PedonRecord$new(
  site = list(
    id              = "exemplo-001",
    lat             = -22.5,
    lon             = -43.7,
    country         = "BR",
    parent_material = "gnaisse"
  ),
  horizons = data.frame(
    top_cm      = c(0,  15, 65, 130),
    bottom_cm   = c(15, 65, 130, 200),
    designation = c("A", "AB", "Bw1", "Bw2"),
    munsell_hue_moist    = rep("2.5YR", 4),
    munsell_value_moist  = c(3, 3, 4, 4),
    munsell_chroma_moist = c(4, 6, 6, 6),
    clay_pct = c(50, 55, 60, 60),
    silt_pct = c(15, 10, 8,  8),
    sand_pct = c(35, 35, 32, 32),
    cec_cmol = c(8, 5.5, 5.0, 4.8),
    bs_pct   = c(24, 14, 13, 13),
    ph_h2o   = c(4.8, 4.7, 4.8, 4.9),
    oc_pct   = c(2.0, 0.6, 0.3, 0.2)
  )
)
```

Ao chamar qualquer `classify_*()` em cima desse pedon, soilKey lê os dados, anda a chave taxonômica, e retorna um objeto `ClassificationResult` com:

- O **nome** atribuído (`Latossolos Vermelhos Distroficos tipicos` na SiBCS, por exemplo)
- O **trace da chave** (quais RSGs / Ordens foram testadas, quais diagnósticos passaram)
- O **evidence grade** A-D resumindo a qualidade dos dados que produziram a decisão
- A lista de **atributos faltantes** que, se medidos, mudariam ou refinariam a classificação

# 2. Classificando nos três sistemas

A interface é simétrica: um `PedonRecord` entra, um `ClassificationResult` sai. As três funções aceitam um argumento `on_missing` que controla o que fazer quando atributos críticos não estão presentes:

- `"warn"` (padrão): avisa, classifica com base no que tem
- `"silent"`: classifica silenciosamente
- `"error"`: para com erro

```{r classify-three-systems}
res_wrb   <- classify_wrb2022(meu_pedon, on_missing = "silent")
res_sibcs <- classify_sibcs(meu_pedon, include_familia = TRUE)
res_usda  <- classify_usda(meu_pedon,  on_missing = "silent")

res_wrb$name
res_sibcs$name
res_usda$name
```

## Atalho: classificar nos três sistemas em uma chamada

```{r classify-all}
todos <- classify_all(meu_pedon, on_missing = "silent")
todos$summary
```

`classify_all()` retorna uma lista nomeada com `wrb`, `sibcs`, `usda` (cada uma um `ClassificationResult` completo) e um resumo `summary` em `data.frame` de uma linha — útil para tabular muitos pedons de uma vez só.

# 3. Inspecionando o key trace

O *trace* da chave é o histórico determinístico da decisão. Cada RSG / Ordem / Sistema testado aparece com o resultado de cada diagnóstico envolvido:

```{r trace}
res_wrb$trace
```

Isso é a feature distintiva do soilKey vs. um classificador "caixa-preta" baseado em LLM: cada classificação carrega o motivo. Se você discorda do resultado, o trace mostra exatamente em qual diagnóstico a chave se desviou da sua expectativa.

# 4. Provenance + evidence grade

Cada valor que entra na chave tem uma tag de proveniência:

```{r prov}
meu_pedon$add_measurement(
  horizon_idx = 4,
  attribute   = "clay_pct",
  value       = 60,
  source      = "predicted_spectra",
  confidence  = 0.85,
  notes       = "Vis-NIR PLSR-local, OSSL South-America library",
  overwrite   = TRUE
)
```

O `evidence_grade` do `ClassificationResult` é a regra do "pior provenance entre os atributos que foram decisivos para a classificação":

- **A**: tudo `measured` (laboratório)
- **B**: ao menos um `predicted_spectra` decisivo
- **C**: ao menos um `extracted_vlm` decisivo
- **D**: ao menos um `inferred_prior` ou `user_assumed` decisivo

Isso garante que um perfil classificado a partir de chemistry de laboratório recebe **A**, mas o mesmo perfil com um valor de argila chave preenchido por VLM ou predição espectral é honestamente **B** ou **C**, **mesmo que o nome final seja idêntico**.

# 5. Cross-system: o mesmo perfil em três taxonomias

```{r cross-system}
todos <- classify_all(meu_pedon, on_missing = "silent")
data.frame(
  Sistema = c("WRB 2022", "SiBCS 5ª ed.", "USDA ST 13"),
  Nome    = c(todos$wrb$name, todos$sibcs$name, todos$usda$name)
)
```

Para um Latossolo Vermelho típico do Cerrado / Mata Atlântica brasileira, esperamos:

- WRB: `Geric Ferric Rhodic Chromic Ferralsol (...)`
- SiBCS: `Latossolos Vermelhos Distroficos tipicos`
- USDA: `Rhodic Hapludox`

A correspondência entre os três sistemas (Schad 2023, Annex Table 1) está documentada no pacote — veja `vignette("v03_cross_system_correlation", package = "soilKey")`.

# 6. Onde ir a partir daqui

| Vinheta | Tópico |
|---|---|
| `v02_classify_wrb_end_to_end` | WRB 2022 com nome canônico do Cap. 6 (qualifiers + suplementares + specifiers) |
| `v03_cross_system_correlation` | Correspondência WRB ↔ SiBCS ↔ USDA |
| `v04_vlm_extraction` | Extração multimodal (PDF, foto) via VLM com schema validation |
| `v05_spatial_spectra_pipeline` | Prior espacial (SoilGrids) + gap-filling com OSSL |
| `v06_wosis_benchmark` | Protocolo de validação contra a base WoSIS (ISRIC) |
| `v07_end_to_end_pipeline` | Pipeline completo (Gemma 4 + espacial + espectral + chave + relatório) |
| `v08_kssl_nasis_multilevel` | Benchmark USDA Soil Taxonomy 13ed em quatro níveis (Order/Suborder/Great Group/Subgroup) na base KSSL+NASIS |

Para a comunidade brasileira: o caminho mais natural é começar aqui (`v01_getting_started_pt`), depois ir para `v03_cross_system_correlation` para entender a correspondência SiBCS ↔ WRB ↔ USDA, e finalmente `v06_wosis_benchmark` se você quiser validar contra dados reais.

# 7. Onde reportar bugs / sugerir features / pedir ajuda

- **Bugs reproduzíveis**: abra uma [issue no GitHub](https://github.com/HugoMachadoRodrigues/soilKey/issues/new?template=bug_report.yml) usando o template "🐛 Bug report".
- **Pedido de feature** (novo diagnóstico, qualifier, loader): use o template "💡 Feature request".
- **Discordância sobre classificação de um perfil real**: use o template "🌱 Soil profile classification help" — colamos juntos o trace da chave e identificamos exatamente onde soilKey divergiu da sua expectativa.
- **Perguntas gerais**: abra uma issue com o template "🌱 Soil profile classification help" ou veja a [documentação completa](https://hugomachadorodrigues.github.io/soilKey/).

# Referências canônicas

- IUSS Working Group WRB (2022). *World Reference Base for Soil Resources*, 4ª ed. International Union of Soil Sciences, Vienna. PDF (`https://openknowledge.fao.org/server/api/core/bitstreams/bcdecec7-f45f-4dc5-beb1-97022d29fab4/content`)
- Soil Survey Staff (2022). *Keys to Soil Taxonomy*, 13ª ed. USDA-NRCS, Washington, DC.
- Santos, H.G. *et al.* (2018). *Sistema Brasileiro de Classificação de Solos*, 5ª ed. revista e ampliada. Embrapa, Brasília.
